Алгоритм Шеннона — Фано не является оптимальным способом сжатия данных, потому что оптимальное поведение на каждом шаге пути не гарантирует оптимальности всей совокупности действий. 12

При построении кода Шеннона — Фано разбиение множества элементов может быть произведено несколькими способами. 2 Выбор разбиения на одном уровне может ухудшить варианты разбиения на следующем уровне и привести к неоптимальности кода в целом. 2

Кроме того, для одного и того же распределения вероятностей можно построить несколько кодов Шеннона — Фано, и все они могут дать различные результаты. 12

По этой причине алгоритм Шеннона — Фано считается достаточно старым методом сжатия и не представляет особого практического интереса. 1 Более эффективным считается сжатие методом Хаффмана. 12