Аквамарины часто встречаются в пегматитах, потому что в этих породах есть необходимые условия для формирования кристаллов, в том числе аквамарина. 13

Некоторые особенности таких условий:

• Медленное остывание магмы. 13 Кристаллам, в том числе кремнийсодержащим, таким как аквамарин, требуется много времени для формирования. 13
• Наличие трещин и полостей. 13 Под землёй горячая магма взаимодействует с породами и нагревает их, что инициирует химическую цепную реакцию между минералами. 3 Когда магма постепенно остывает, тепловая активность внутри пегматитов начинает формировать кристаллы внутри полостей. 3
• Наличие бериллийсодержащих минералов. 2 Бериллий — относительно редкий элемент в земной коре, но в некоторых геологических условиях его можно найти в концентрированных формах. 2

Аквамарины из пегматитов, по некоторым данным, кристаллизовались при температуре 200–380 °С, меньшем давлении и в более щелочной среде. 5