Аксиоматический метод не всегда применим в эмпирических науках, так как его эффективность ограничена сферами, в которых понятия достаточно стабильны для использования чётких предписаний формальной логики. 1

В науках, где первоочередными являются эксперименты и наблюдения, аксиоматический метод помогает соотнести полученные данные между собой, провести их анализ и определить взаимосвязи. 3 Но для создания отдельных обобщений или гипотез этот метод не подходит, так как не позволяет использовать интуицию, геометрические интерпретации, индукционные предположения и другие наглядные подсказки рассуждений. 3

Кроме того, аксиоматизация науки требует точного определения используемых понятий и соблюдения строгости выводов, а в эмпирическом знании это не достигнуто. 5

Таким образом, аксиоматический метод имеет некоторые ограничения, связанные с особенностями эмпирических наук, где важную часть решения задачи составляют эксперименты и наблюдения. 1