Агроценозы негативно влияют на видовое разнообразие местной флоры и фауны по нескольким причинам:

• Снижение разнообразия растений. 13 На полях обычно культивируют один или несколько видов (сортов) растений, что приводит к значительному обеднению видового состава животных, грибов, бактерий. 1
• Нарушение круговорота веществ. 15 В естественной экосистеме первичная продукция растений (урожай) проходит через многочисленные цепи питания и вновь возвращается в систему биологического круговорота. 5 В агроценозах такой круговорот нарушен, так как большая часть продукции изымается человеком при сборе урожая. 5
• Разрушение механизмов регуляции численности видов. 2 Сельскохозяйственное освоение территорий часто приводит к разрушению созданных природой механизмов регуляции численности отдельных видов и резким изменениям в уровне их обилия. 2
• Массовое размножение вредителей и возбудителей болезней. 1 Биологическое однообразие сортов культурных растений, занимающих большие площади, часто является основной причиной их массового уничтожения специализированными насекомыми или поражения возбудителями болезней. 1