Документы профессиональной научной экспертизы и документы, составленные в технике чёрного аудита, различаются по ряду признаков:

• Цель и задачи. 25 Научная экспертиза связана с организацией исследований, анализом и оценкой объектов, подготовкой и оформлением экспертных заключений для обоснования принятия общественно значимых решений. 5 Чёрный аудит, в свою очередь, предполагает проверку финансово-бухгалтерской отчётности с целью выявления ошибок и предоставления заключения о её достоверности. 1
• Принципы проведения. 2 Для научной экспертизы характерны независимость и правовая защищённость участников экспертного процесса, научный подход, полнота, всесторонность и объективность исследований. 2 При чёрном аудите могут использоваться методы фальсификации, например, выдача положительного заключения на отчётность без проведения проверок или сговор с конкурентом исследуемого предприятия. 1
• Характер экспертного заключения. 5 Заключение научной экспертизы носит рекомендательный характер и является собственностью заказчика, если иное не предусмотрено законодательством и договором на проведение экспертизы. 5 Заключение чёрного аудита, как правило, содержит мнение специализированной организации о достоверности бухгалтерской отчётности и может быть выдано с нарушением закона, если итоговый документ не соответствует рабочим материалам специалиста, проводившего проверку. 1