Да, t-тест Стьюдента можно применять для сравнения средних значений двух выборок процентных значений. 1

Этот критерий используется для определения статистической значимости различий средних величин. 2 Однако для его использования необходимо, чтобы исходные данные имели нормальное распределение и равенство дисперсий (распределения) сравниваемых групп. 2

Если эти условия не соблюдены, вместо t-критерия Стьюдента используются аналогичные методы непараметрической статистики, например, U-критерий Манна — Уитни. 23

Также не вполне корректно применять t-критерий Стьюдента при наличии в данных значительного числа выбросов. 3

Для корректного применения статистических методов рекомендуется обратиться к специалисту.