Да, энергию атомов и фотонов можно пополнять. 1

У атомов это происходит, например, при нагреве твёрдого тела увеличивается энергия колебания атома в кристаллической решётке, а при нагреве газа — кинетическая энергия хаотического движения атомов. 1

У фотонов энергия увеличивается благодаря эффекту Комптона: при обратном комптоновском рассеянии электрон передаёт фотону часть своей энергии, при этом уменьшается длина волны фотона, увеличивается его частота и энергия. 1

Также существует концепция квантовой телепортации энергии, когда энергия не приобретается и не теряется, а передаётся. 2 Если энергию одной из связанных квантовых частиц можно измерить, то эту же величину можно извлечь из другой связанной квантовой частицы, где бы она ни находилась в этот момент во Вселенной. 2