Экспериментально доказать макроэволюцию сложно, так как процессы макроэволюции требуют огромных промежутков времени и почти не наблюдаемы в режиме реального времени. 14

Однако доказать наличие макроэволюции возможно с помощью других методов, например:

• Палеонтологических. 13 Останки вымерших переходных форм позволяют проследить путь от одной группы живых существ к другой. 2 Например, останки ископаемых семенных папоротников помогают понять, как появились голосеменные растения. 1
• Эмбриологических. 12 У всех позвоночных животных наблюдается сходство зародышей на ранних стадиях развития: форма тела, зачатки жабр, хвост, один круг кровообращения и т. д.. 2
• Биохимических. 12 У всех живых существ единый химический состав, схож генетический код (ДНК и РНК), есть сходства в пластическом и энергетическом обмене. 1
• Биогеографических. 12 Распространение животных и растений по поверхности Земли отражает процесс эволюции: чем теснее связь континентов, тем больше родственных видов на них обитает. 2

Также одним из методов изучения макроэволюции является компьютерное моделирование. 4