Модель работы научного учреждения может включать следующие элементы:

1. Управление стратегией научной деятельности. 1 Выбор направления, которое определяет успех организации (разработка новых продуктов, технологий и услуг, внедрение новых методов управления и др.). 1
2. Управление политикой научной деятельности. 1 Совокупность процедур, которые обеспечивают реализацию научной стратегии организации (преемственность процессов, рациональное распределение ресурсов). 1
3. Управление потребностью в научных исследованиях. 1 Определение востребованности научной деятельности организации в рыночной среде (новая научная продукция, новые технологические процессы, новые инструменты). 1
4. Управление портфелем заказов на научную деятельность. 1 Совокупность действий по заключению договоров на научную деятельность с другими организациями (в том числе государственными) с целью использования научного потенциала в конкретной области (субподрядные разработки, испытания, экспертиза и т. д.). 1
5. Управление научными идеями и новациями. 1 Выявление и выбор наиболее эффективных новшеств и инициатив с целью рассмотрения необходимости их разработки и возможности применения на практике. 1
6. Управление экономикой научной деятельности. 1 Определение экономических показателей для оценки результативности научной деятельности (сбор, обработка и анализ данных). 1

Также существует модель бизнес-процессов научной деятельности. 2 Её создание начинается с изучения работы функциональных подразделений учреждения, участвующих в проведении и организации научной деятельности. 2 Устанавливается общая карта бизнес-процессов, место и роль каждого подразделения в общей системе процессов. 2

Ещё одна модель организации научной деятельности — сетевая. 5 В ней рассматриваются способы сетевой организации научной деятельности внутри организации, а также способы построения внешних сетевых структур и их управления. 5