Метаболические пути архей и бактерий различны. 1

Археи демонстрируют огромное разнообразие химических реакций, протекающих в их клетках в процессе метаболизма, а также источников энергии. 2 Некоторые археи получают энергию из неорганических соединений, таких как сера или аммиак (они являются литотрофами). 2 Другие группы архей используют в качестве источника энергии солнечный свет (их называют фототрофами). 2 Археи используют модифицированный вариант гликолиза (путь Энтнера-Дудорова), а также полный или частичный цикл Кребса (трикарбоновых кислот). 2

Бактерии используют гликолиз и цикл лимонной кислоты. 1 У бактерий легче получается освоение новых типов метаболизма, связанного с использованием готовых органических субстратов. 4