Томас Гексли внёс значительный вклад в развитие эволюционной теории. 14 Некоторые достижения учёного:

• Популяризировал теорию Дарвина. 5 Гексли читал циклы лекций и публиковал статьи, в которых призывал коллег-биологов развивать проект Дарвина и сводить ветви древа жизни воедино. 5
• Впервые дал научное обоснование гипотезы о животном происхождении человека. 4 Гексли показал на основе палеонтологических, сравнительно-анатомических и эмбриологических данных большую близость гориллы и шимпанзе к человеку, чем к низшим обезьянам. 4
• Доказал единство происхождения черепа у позвоночных (1858) и происхождение птиц от рептилий (1867). 4
• Разработал систему млекопитающих, которая отражает ступени эволюционного развития класса от низших его представителей к высшим. 3
• Выдвинул теорию самозарождения жизни на основе вещества, названного им батибиус Геккеля (Bathybius haeckelii) в честь немецкого биолога Эрнста Геккеля. 12 Позднее была доказана ошибочность теории. 1

Со временем за Гексли закрепилась репутация «бульдога Дарвина» за его последовательную и яростную защиту эволюционной теории, которую благодаря ему всё чаще называли дарвинизмом. 1