Роль жгутиковых в экосистемах водных сред заключается в следующем:

• Очищение водоёмов. 5 Многие жгутиковые поедают бактерии и другие микроорганизмы, очищая водоёмы. 1
• Участие в пищевой цепи. 2 Жгутиковые служат источником питания для более крупных животных организмов. 1 Например, выклевывающиеся из икринок мальки многих видов рыб на самых начальных этапах своей жизни питаются преимущественно простейшими. 1
• Выработка органических веществ и выделение кислорода. 5 Автотрофные жгутиковые, содержащие хлорофилл, способны к фотосинтезу и вырабатывают органические вещества. 35

Кроме того, скелеты и раковинки погибших жгутиковых могут формировать многометровые отложения на дне морей. 5