Жёлтая кубышка играет важную роль в экосистеме пресноводных водоёмов. 1 Некоторые функции растения:

• Создание микроклимата. 1 Плавающие листья кубышки уменьшают испарение воды и понижают её температуру. 1
• Опора для организмов. 1 Заросли кубышки тормозят движение воды, помогая поселяющимся среди них организмам противостоять колебанию водной массы и предоставляя им опору для временного или постоянного прикрепления. 1
• Защита и субстрат для других организмов. 1 Кубышка служит защитой и субстратом для большого числа видов, включая водоросли, гидр, мшанок, червей, клещей, ракообразных, насекомых, моллюсков. 1
• Препятствие развитию некоторых насекомых. 1 Сплошное распределение листьев кубышки на поверхности воды создаёт механическое препятствие для развития теплолюбивых и светолюбивых личинок комаров. 1
• Очистка водоёмов. 13 Пластинки плавающих листьев кубышки участвуют в механической очистке вод, загрязнённых нефтепродуктами и другими веществами поверхностного слоя. 1
• Участие в углеродном цикле. 1 Кубышка способствует удалению метана из донных отложений. 1
• Индикатор чистоты воды. 3 Кубышка — своеобразный индикатор чистой воды: как только вода загрязняется, растение погибает. 3