Роль саркожгутиковых в экосистемах водоёмов заключается в следующем:

• Участие в цепях питания. 2 Саркожгутиковые потребляют разлагающуюся органику, бактерий и других простейших, а сами служат пищей для водных беспозвоночных. 2
• Регулирование количества микроорганизмов. 1 Благодаря саркожгутиковым регулируется количество микроорганизмов в водоёмах. 1
• Выделение кислорода. 1 Эвглены выделяют в ходе фотосинтеза кислород, который насыщает водную среду и используется для дыхания гидробионтов. 1
• Участие в образовании осадочных пород. 2 Некоторые группы саркожгутиковых (фораминиферы, радиолярии) имеют плотную раковину из извести или кремнезёма. 2 Такие саркожгутиковые в больших количествах обитают в морях и океанах, а их раковины принимают участие в образовании осадочных и метаморфических пород. 2