Роль промоторов в регуляции транскрипции у бактерий и эукариот отличается:
У бактерий промоторы обеспечивают специфичность инициации транскрипции, которая происходит только в промоторных участках. 1 Связывание с промотором определяется структурной частью полимеразы — σ-субъединицей. 1 Также часто в регуляции участвуют белки-регуляторы, которые могут ускорять процесс и повышать его эффективность (активаторы), либо замедлять (репрессоры). 1
У эукариот промоторы работают совместно с другими регуляторными областями (энхансерами, сайленсерами, граничными элементами/инсуляторами), направляя уровень транскрипции данного гена. 3 И ДНК, и нуклеосомы могут подвергаться химической модификации, которая влияет на уровень транскрипции. 1