Роль организмов бентоса в морских и пресноводных экосистемах заключается в следующем:

• Участие в биогеохимических процессах. 1 Бентос способствует разложению органических веществ. 1
• Источник пищи для различных организмов, включая рыб и птиц. 12
• Поддержание биологического разнообразия и устойчивости водных экосистем. 1
• Формирование пищевых цепей. 1
• Использование в качестве биоиндикаторов. 4 Организмы бентоса могут указывать на присутствие, концентрацию и воздействие загрязнителей воды на водную среду. 4

Кроме того, многие виды мелководного морского бентоса — объект промысла и аквакультуры. 3