Роль нуклеосом в регуляции транскрипции генов двойственна. 5

В одном случае присутствие нуклеосом в области промотора подавляет активность генов, препятствуя присоединению факторов транскрипции. 1 Белки нуклеосом (гистоны) конкурируют с факторами транскрипции за участки свободной от белков ДНК. 1 Если гистоны успевают образовать нуклеосомные структуры в условиях, когда концентрация факторов транскрипции недостаточна, то ген оказывается неактивным (репрессированным). 1

В другом случае нуклеосомная организация обеспечивает особую пространственную трёхмерную структуру хроматина, необходимую для транскрипции гена. 1

Также высокодинамичные нуклеосомы обеспечивают меньший стерический барьер и усиливают динамику удлинения транскрипции слабо транскрибируемых генов за счёт буферизации скручивания ДНК. 5