Роль мухоловок в поддержании баланса экосистем заключается в следующем:

• Контроль численности насекомых. 2 Мухоловки помогают регулировать количество насекомых, которые могут повредить растения и распространять болезни. 2
• Источник питательных веществ. 14 В почве, где растёт мухоловка, обычно не хватает азота, необходимого для её роста и развития. 4 Насекомые служат дополнительным источником этого вещества. 4
• Источник пищи для других животных. 2 Мухоловки служат кормом для птиц и рептилий. 2

Кроме того, в гнездовьях мухоловок, например мухоловки-пеструшки, могут обитать беспозвоночные, которые служат кормом для птенцов. 3