Морские мыши играют важную роль в экосистеме океана, в частности, выступают источником пищи для других морских животных. 1

Некоторые морские мыши предпочитают растительную диету, другие являются хищниками. 3 Хищники используют шерсть в качестве приманки: зарываются в ил, оставляя на поверхности щетинки, отражающие свет. 3 «Огоньки» привлекают рачков, небольших моллюсков, червей, на которых охотится морская мышь. 3

Также морских мышей используют в качестве биологических индикаторов качества воды, так как они чувствительны к загрязнению и изменениям в составе морской воды. 1