Микроорганизмы играют важную роль в круговороте веществ между биогеоценозом и литосферой, минерализуя органические остатки и замыкая таким образом биологические циклы экосистем. 3

Некоторые процессы, в которых участвуют микроорганизмы:

• Превращение органических соединений в минеральные формы. 3 В результате деятельности почвенных организмов органическое вещество превращается из недоступных органических соединений в усвояемые растениями минеральные формы. 3
• Растворение минералов. 3 Выделяющийся в процессе дыхания микроорганизмов диоксид углерода способствует растворению минералов. 3 Например, нерастворимые фосфаты растворяются угольной кислотой, которая образуется от взаимодействия диоксида углерода и воды при участии микроорганизмов. 3
• Гумификация. 3 Все разновидности мёртвого органического вещества, подвергаясь в почве биологическому разложению и окислению, преобразуются в единую, довольно стабильную химическую субстанцию почвенного субстрата — гумусовые вещества. 3

Деятельность микроорганизмов также влияет на возникновение месторождений полезных ископаемых. 1 Например, отложения железа, карбоната кальция, серы, образование каменного угля, нефти, природного газа, бокситов во многом обусловлены биохимическими процессами, которые происходили с участием микроорганизмов. 1