Комплементарные пары азотистых оснований играют ключевую роль в стабилизации вторичной структуры ДНК. 14

Они образуют водородные связи, которые удерживают две полинуклеотидные цепи относительно друг друга в правозакрученной спирали ДНК. 12 Между аденином и тимином могут образовываться две водородные связи, а между гуанином и цитозином — три. 1

Кроме того, между основаниями в ДНК возникают гидрофобные взаимодействия, которые также обеспечивают стабилизацию структуры спирали. 15

Также в стабилизации вторичной структуры молекулы ДНК участвует стэкинг-взаимодействие — взаимодействие π-облаков азотистых оснований вдоль оси молекулы ДНК. 1