Роль инфузорий в природных экосистемах заключается в следующем:

• Участие в цепях питания. 2 Инфузории потребляют детрит, бактерий, других простейших, одноклеточные водоросли и сами служат пищей для водных беспозвоночных и мальков рыб. 2
• Очистка водоёмов. 3 Инфузории питаются бактериями и разложившимися органическими остатками, тем самым очищают водоёмы от загрязнения. 3
• Повышение плодородия почв. 25 Обитающие в почве простейшие, в том числе инфузории, способствуют повышению её плодородия. 2
• Участие в круговороте веществ. 5 Населяя почву, инфузории активно участвуют в круговороте веществ и воздействуют на процесс почвообразования. 5