Роль гистоновых белков в структуре ДНК заключается в том, что они обеспечивают суперспирализацию и компактизацию молекулы. 2 Цепи ДНК обвивают кор, состоящий из 8 гистонов, образуя чётковидную структуру нуклеосом, которые связаны между собой линкерной цепочкой ДНК. 2 В дальнейшем эти нуклеосомы упаковываются в крупные хроматиновые структуры, благодаря чему достигается компактная их укладка в хромосомах. 2

Роль негистоновых белков заключается в том, что они участвуют в образовании петлевых структур. 1 Они способны узнавать специфические участки молекулы ДНК, отдалённые друг от друга на расстояние в несколько тысяч нуклеотидов, и сближать их с образованием петель из расположенных между ними фрагментов хроматиновой фибриллы. 1

Кроме того, негистоновые белки содержат ферменты, которые участвуют в процессах синтеза и процессинга РНК, редупликации и репарации ДНК. 1