Роль бактерий в формировании перегноя заключается в разложении органических веществ, что способствует образованию почвы и круговороту биогенных элементов. 5

В очистке водоёмов бактерии играют следующую роль:

• Расщепление органических остатков. 3 Бактерии перерабатывают отмершие водоросли, продукты жизнедеятельности рыб, листья и мелкую взвесь, расщепляя их на углекислый газ, который выветривается из водоёма, и чистую воду. 3
• Удаление загрязняющих веществ. 24 Микроорганизмы потребляют загрязняющие вещества в качестве источника пищи и энергии, удаляя их из воды или расщепляя на безвредные соединения. 2
• Подавление роста и развития патогенных бактерий. 2 За счёт высокой активности и эффективности бактерии создают конкурентную среду и «отбирают» питание у вредных микроорганизмов. 2
• Расщепление илистого осадка на дне водоёма. 2 Бактерии выделяют ферменты, которые расщепляют и удаляют органические отложения и препятствуют их накоплению. 2