Археи играют важную роль в круговороте углерода и азота. 14

В круговороте углерода археи фиксируют углерод, используя атмосферный углекислый газ как источник углерода. 1 Фиксация осуществляется за счёт энергии, получаемой из неорганических соединений. 1

В круговороте азота археи осуществляют многие этапы, включая реакции, удаляющие азот из экосистемы (азотное дыхание и денитрификация), и процессы, в ходе которых поглощается азот (усвоение нитратов и фиксация азота). 1 Также археи играют важную роль в почвенном окислении аммиака, образуя нитриты, которые затем окисляются другими микробами в нитраты и потребляются растениями и другими организмами. 1

В круговороте серы археи, живущие за счёт окисления соединений серы, получают их из каменистых пород и делают доступными для других организмов. 1