Роль альтернативных генов в формировании фенотипического разнообразия заключается в том, что они отвечают за развитие альтернативных признаков, внося существенное разнообразие в формируемые фенотипы дочерних особей. 1

Благодаря альтернативным генам в генотипе обеспечивается генный баланс: они вносят разнообразие, но при этом не влияют на общее число хромосом и не касаются генома в целом. 2