Роль метилирования ДНК в эмбриональном развитии заключается в следующем:

• Установление нормальных паттернов метилирования генома. 1 Это необходимо для поддержания дифференциальной экспрессии отцовской и материнской копий генов, подверженных геномному импринтингу, и для стабильного сайленсинга генов на неактивной Х-хромосоме. 1
• Стабилизация экспрессии генов. 4 Метилирование ДНК позволяет закреплять «клеточную память» в клетках, которые делятся и дифференцируются из эмбриональных стволовых клеток в клетки различных специализированных тканей организма. 4

Особенно активно метилирование ДНК происходит в эмбриональный период и вскоре после рождения. 3 Именно в это время обнаружено самое большое количество ДНК-метилтрансфераз — ферментов, осуществляющих этот процесс. 3