Роль хроматина, ассоциированного с ядрышком, в регуляции клеточных процессов заключается в следующем:

• Определение активности генов. 2 Структура окружающего хроматина влияет на то, как будут функционировать гены: они могут переключаться из активного состояния в молчащее и наоборот. 4
• Контроль продвижения клеток по клеточному циклу. 4 Процессы сборки и разборки хроматина — важнейшие компоненты регуляторной сети, которая контролирует продвижение клеток по клеточному циклу и процессы, происходящие в ходе развития организма. 4
• Участие в транскрипции рРНК. 3 Ядрышки расположены вокруг особых регионов хромосом, гены которых кодируют различные по длине и массе рРНК. 3 Сосредоточенность таких генов в определённом месте ядра, а также интенсивность их транскрипции, обусловливает характерную морфологию ядрышка. 3