Роль эвглены зелёной в экосистеме водоёмов заключается в следующем:

• Участие в процессе самоочищения. 1 Благодаря типу питания эвглена поглощает органические вещества, растворённые в воде, в том числе из сточных вод. 1
• Часть пищевой цепи. 3 Эвглена выживает, создавая свою собственную пищу: на свету питается за счёт процесса фотосинтеза, а в темноте и при обилии органической пищи — гетеротрофно, поглощая органику. 23
• Биологический индикатор чистоты водоёмов. 1 Некоторые виды эвглен служат своеобразными индикаторами для оценки чистоты водоёмов. 1

При сильном размножении эвглен вода приобретает зелёный оттенок («цветение воды»). 2