Причины появления четырёхлистных клеверов могут быть разными: 12

• Генетические факторы. 2 Возможное наличие в геноме растения рецессивного аллеля, который проявляется с очень низкой частотой. 2
• Окружающая среда. 2 Появление четырёхлистного клевера может быть вызвано соматической мутацией или нарушением развития, вызванного условиями окружающей среды. 1
• Случайное взаимодействие генов. 2 Аномалия может быть результатом случайного взаимодействия нескольких генов в отдельно взятом растении. 1

Также существует мнение, что каждая из этих причин может действовать в конкретном случае, делая каждое четырёхлистное растение уникальным. 2

Ещё одна возможная причина появления четырёхлистных клеверов — хорошо удобренная почва. 3 Доказано, что фосфаты (распространённый ингредиент удобрений) играют определённую роль в частоте развития четырёхлистного клевера у клеверных растений. 3