Преимущества метода окрашивания спор по Шефферу–Фултону:

• позволяет выделить эндоспоры, окрасив их в зелёный цвет, а любые другие бактериальные тела — в красный; 1
• даёт возможность определить наличие в клетках запасных питательных веществ и выявить клеточные структуры. 2

Недостатки метода:

• требует использования тепла для перемещения основного окрашивания (малахитово-зелёного) в эндоспору. 1

Другие методы окрашивания спор, например, Пешкова, Златогорова, Меллера, основаны на разрыхлении малопроницаемой для красителей оболочки спор различными способами (путём нагревания, обработки препарата кислотами, щелочами) с одновременным или дальнейшим их окрашиванием концентрированным красителем. 2 После такой обработки препарат промывают водой (при этом клетки обесцвечиваются, а споры остаются окрашенными) и докрашивают вегетативные клетки красителем контрастного цвета. 2