Преимущества люминесцентной микроскопии по сравнению с другими методами:

• Высокая степень контрастности цветных светящихся объектов на тёмном фоне. 1
• Большая площадь просматриваемого поля зрения за счёт использования меньших увеличений микроскопа. 1
• Экономия времени благодаря возможности проводить больше исследований за меньший срок. 1
• Возможность визуализации структуры клеток и тканей, изучения их физиологии, функций и поведения. 2
• Высокая чувствительность. 2 Чтобы обнаружить вещество, достаточно всего его 50 молекул на кубический микрометр. 2
• Возможность окрашивания разных молекул разными цветами. 2 Это позволяет отслеживать одновременно несколько типов молекул. 2

Недостатки люминесцентной микроскопии:

• Вероятность получения ложноположительных результатов. 1 На это влияет сочетание запирающих и возбуждающих светофильтров, цвет свечения и наличие или отсутствие фонового свечения. 1
• Наблюдение только тех структур, которые окрашены флюорофорами, что не позволяет наблюдать весь объект исследования. 2