Преимущества использования ДНК-оригами в производстве наношестерёнок:

• Возможность позиционирования наночастиц или молекул в двумерном или трёхмерном пространстве. 1 Структуры ДНК-оригами выступают в качестве универсального «молекулярного адаптера» или каркаса для размещения заданного числа молекул или наночастиц со сверхвысокой точностью. 1
• Прочность. 5 Двухцепочечная ДНК характеризуется высокой стабильностью, так как её нити связаны друг с другом посредством водородных связей. 5
• Совместимость с живыми системами. 5 ДНК-наноструктуры способны, не подвергаясь деградации, надёжно выполнять свои функции в широких диапазонах физиологических условий. 5

Недостатки использования ДНК-оригами:

• Необходимость заново просчитывать каждую новую структуру. 2 Нужно продумывать взаимное положение изгибов, подбирать нужные ДНК-последовательности. 2
• Трудности с синтезом основной нити ДНК. 2 Чем длинней нить, тем больше вероятность, что она будет синтезирована с ошибкой. 2 Поэтому обычно в качестве основной нити в ДНК-оригами используется уже готовая ДНК, например, принадлежащая вирусу. 2
• Длительная сборка и невысокий выход. 2 Это связано с тем, что нужно укладывать длинную — а значит, легко запутывающуюся — нить ДНК. 2