Преимущества использования подкаталогов в файловой системе:

• Удобство поиска и упорядочивания файлов. 1 Иерархия вложенных друг в друга каталогов позволяет классифицировать файлы на различных уровнях, что делает их поиск более удобным. 1
• Отделение пользовательских файлов от системных. 2 Это может быть преимуществом, если серьёзное повреждение системы или необходимость обновления не затронут наиболее ценную информацию — пользовательские файлы. 2

Недостатки использования подкаталогов:

• Проблема совместимости. 3 Если владельцы разных каталогов попытаются независимо друг от друга изменить содержимое файла, новые блоки будут перечислены только у одного пользователя и не будут видны другому. 3
• Усложнение поиска нужного файла. 2 Если не следовать иерархическому принципу, то вскоре окажется гораздо проще складывать все файлы в один каталог и искать нужный среди них, чем проделывать такой поиск по всем подкаталогам системы. 2