Преимущества использования колониеобразующих единиц (КОЕ) в микробиологии:

• Оценка количества жизнеспособных микробных клеток в образце на основе их способности давать начало колониям в определённых условиях температуры, времени и питательной среды. 12
• Возможность идентифицировать микроорганизмы по морфологии колоний, которые разные виды могут давать друг от друга как микроскопически, так и макроскопически. 2

Недостатки использования КОЕ:

• Занижение реального количества отдельных живых клеток, присутствующих в образце, так как подсчёт КОЕ предполагает, что каждая колония основана одной жизнеспособной микробной клеткой, а в природе одиночные клетки — исключение. 12
• Трудоёмкость подсчёта КОЕ, особенно если необходимо обсчитать много образцов. 2
• Трудности с использованием автоматизированных систем, так как микроорганизмы трудно отличить от скоплений пыли или царапин на чашках с кровяным агаром. 2