Преимущества использования электронной микроскопии в цитологических исследованиях:

• возможность получить разрешение, на несколько порядков превосходящее максимальное разрешение лучших световых микроскопов; 3
• возможность выявить компоненты клетки и детали строения мембран, органелл (митохондрий, эндоплазматической сети, рибосом, вакуолей); 4
• расширенный метод выявления вирусов, что не позволяет уровень световой микроскопии. 4

Недостатки использования электронной микроскопии в цитологических исследованиях:

• невозможность исследования живых клеток (при подготовке к электронной микроскопии клетки нужно обрабатывать особым способом, из-за чего они погибают); 1
• изображение на экране получается двумерным (плоским); 2
• при обработке тяжёлыми металлами разрушаются и видоизменяются некоторые клеточные структуры. 2