Преимущества использования агарозного геля для электрофореза ДНК:

• прочность геля; 9
• крупнопористость, позволяющая разделять особенно крупные молекулы, в частности нуклеиновые кислоты; 9
• мягкость носителя, что позволяет определять активность отдельных фракций белков после проведения электрофореза; 9
• простота приготовления геля; 19
• относительно небольшая продолжительность электрофореза; 9
• относительная дешевизна метода. 9

Недостатки: из-за отрицательного заряда на сульфатных и СООН-группах сетки агара возникает электроосмос, приводящий к неравномерному распределению электрического поля, а иногда — гидростатического давления. 1

Преимущества использования полиакриламидного геля для электрофореза ДНК:

• высокая разрешающая способность, позволяющая разделить молекулы по их размеру и заряду и определить даже незначительные различия между образцами; 10
• высокая чувствительность, позволяющая обнаруживать белки и НК очень малых концентраций; 10
• возможность модификации, так как поры геля регулируются простым и управляемым способом путём изменения концентрации акриламида. 10

Недостатки: приготовление полиакриламидного геля несколько сложнее, чем агарозного, кроме того, акриламид является токсичным веществом. 3