Некоторые преимущества использования алгоритма BLAST для анализа последовательностей:

• Скорость и чувствительность. 3 BLAST позволяет быстро сравнивать последовательности нуклеотидов и белков как с отдельными последовательностями, так и с большими базами данных. 3
• Возможность работы с разными типами последовательностей. 5 BLAST подходит для анализа нуклеотидных, белковых и транслированных последовательностей. 5
• Широкий спектр применения. 3 BLAST используют для идентификации видов, определения местоположения доменов, установления филогении, картирования ДНК и сравнения. 3
• Демократизация биоинформатического анализа. 3 BLAST сделал этот анализ доступным для любого исследователя через интернет. 3

Некоторые недостатки алгоритма BLAST:

• Ориентированность на локальное выравнивание. 25 BLAST ищет подобие только в пределах некоторой части последовательности, в отличие от глобального выравнивания, которое предполагает, что последовательности гомологичны по всей длине. 25
• Возможный краевой эффект. 2 Как правило, пары сегментов с максимальным сходством не начинаются близко к краю (началу или концу) последовательностей. 2
• Менее надёжные результаты при установлении филогении. 3 Филогении, основанные только на BLAST, считаются менее надёжными. 3