Преимущества агарозного геля по сравнению с полиакриламидным:

• Прочность. 4 Агарозный гель нашёл широкое применение при разделении крупных макромолекул, таких как ДНК. 10
• Крупнопористость. 4 Позволяет разделять особенно крупные молекулы, в частности нуклеиновые кислоты. 4
• Мягкий носитель. 4 В отличие от электрофореза на бумаге, при нём не происходит инактивации белков, что позволяет определять активность отдельных фракций белков после проведения электрофореза. 4
• Простота приготовления. 4 Приготовление агарозного геля значительно проще, чем крахмального и полиакриламидного. 4
• Относительно небольшая продолжительность электрофореза. 4
• Относительная дешевизна метода. 4

Недостатки агарозного геля:

• Ломкость геля (при концентрации менее 2%) вследствие слабых гидрофобных и водородных связей. 9
• Из-за отрицательного заряда на сульфатных и СООН-группах сетки агара возникает электроосмос, приводящий к неравномерному распределению электрического поля, а иногда — гидростатического давления. 2

Преимущества полиакриламидного геля:

• Высокая разрешающая способность. 1 Фрагменты ДНК, которые отличаются по размеру всего на 1 п.н. в длину или всего на 0,1% их массы могут быть отделены друг от друга. 1
• Возможность вмещать сравнительно большие количества ДНК. 1

Недостатки полиакриламидного геля: его сложнее готовить и обрабатывать, чем агарозные гели. 1