Некоторые угрозы и проблемы, связанные с популяцией гигантских кальмаров в дикой природе:

• Изменение климата. 25 Потепление океана и усилившиеся явления Эль-Ниньо привели к тому, что гигантские кальмары начали уменьшаться в размерах. 5 Это связано с неблагоприятными условиями и нехваткой пищи. 2
• Резкие перепады температур. 1 Организм гигантских кальмаров плохо переносит резкое понижение температуры воды. 1 Из-за этого кальмаров иногда выбрасывает на берег, где они погибают. 1
• Естественные враги. 14 На взрослых особей гигантских кальмаров могут нападать кашалоты, ещё один опасный враг — морской слон. 14 Молодь кальмаров могут убивать хищные рыбы, глубоководные акулы, тунцы и другие крупные морские хищники. 1
• Низкое генетическое разнообразие. 1 Анализ ДНК выловленных гигантских кальмаров показал их чрезвычайно низкое генетическое разнообразие. 1 Учёные считают, что род вымирает. 1

Сокращение численности гигантских кальмаров влияет на экосистему, так как эти животные — важное звено пищевой цепи и основная пища для некоторых крупных хищников. 25 Например, исчезновение кальмаров спровоцировало массовую миграцию кашалотов из Калифорнийского залива. 5