Основные угрозы для популяций гигантского ската манта в дикой природе:

• Чрезмерный вылов. 15 Как коммерческое, так и кустарное рыболовство нацелено на мантов из-за их мяса и других продуктов. 1
• Запутывание в рыболовных сетях и снастях. 5 Из-за выступающих головных плавников манты могут запутаться в лесках, сетях и даже в линиях швартовки. 1
• Повреждения от крючков и других рыболовных снастей, винтов катеров и яхт. 3 У мант хорошая способность к регенерации, но как травма влияет на дальнейшую жизнь особи, науке не известно. 3
• Загрязнение океана. 35 Загрязнение пластиком, разливы нефти и другие формы загрязнения могут нанести вред мантам и их среде обитания. 5
• Изменение климата. 5 Потепление и закисление океанов может повлиять на планктонные источники пищи, от которых зависят манты, что может привести к сокращению их популяции. 5
• Увеличение морских перевозок. 3 Оно создаёт угрозу благополучию мант, так как может нарушать исторические маршруты и затрагивать безопасные ареалы этих животных. 3