Некоторые угрозы для популяции обыкновенной пищухи:

• Изменение климата. 15 Повышение температуры, уменьшение снежного покрова и увеличение количества осадков нарушают хрупкий баланс среды обитания пищухи, из-за чего ей становится всё труднее находить пищу и кров. 3
• Потери от хищников. 24 Они больше в неоднородных лесах, рассечённых вырубками и полянами, чем в плотных массивах. 24 Также потери от хищников растут в старых лесных массивах и вблизи сельскохозяйственных объектов. 24
• Пищевые конкуренты. 4 Например, лесные муравьи, которые уменьшают численность беспозвоночных, пригодных для питания пищухи. 4
• Холодные зимы. 2 На северной границе ареала обыкновенная пищуха относительно редка из-за слишком холодной для неё зимы, особенно если питанию мешает образование льда на стволах деревьев. 2

При этом, согласно критериям Красной книги, обыкновенная пищуха не находится под угрозой исчезновения. 24