Основные принципы работы проточной цитофлуориметрии включают следующие этапы: 1

1. Подготовка клеток. 1 Клетки предварительно помечают светящимися молекулами (флуорохромами). 1
2. Помещение клеток в поток жидкости. 1 Клетки узкой струёй впрыскиваются в центр ламинарного потока проточной жидкости, который протекает через проточную ячейку по тонкому каналу из оптически прозрачного материала. 2
3. Гидродинамическое фокусирование. 14 Исследуемые клетки выстраиваются в цепочку и в таком порядке пересекают пучок световых (обычно лазерных) лучей. 1
4. Фокусировка света. 1 Свет, исходящий от флуорохромов, фокусируют при помощи оптической системы, состоящей из нескольких зеркал и линз, а затем раскладывают на определённые компоненты. 1
5. Преобразование световых сигналов. 1 Полученные световые сигналы преобразуют в электрические импульсы и анализируют при помощи специального программного обеспечения. 1

В результате цитометрического анализа определяется состояние каждой клетки в каждой из популяций образца. 1