Некоторые причины сокращения популяции кубышки жёлтой:

• Загрязнение водоёмов. 3 Химические вещества, попадающие в воду, отравляют среду обитания кубышки, нарушая её жизненные процессы и препятствуя размножению. 3
• Истребление в качестве декоративного растения. 3 Из-за неконтролируемого сбора и пересадки кубышек из естественных водоёмов в искусственные, их популяции в дикой природе сокращаются. 3
• Осушительная мелиорация. 3 Комплекс мероприятий по осушению болот и заболоченных земель приводит к уничтожению мест обитания кубышек, которые предпочитают именно такие влажные территории. 3
• Заготовка корневищ в лекарственных целях. 3 Из-за неконтролируемого сбора корневищ, популяции кубышек сокращаются. 3
• Резкие колебания гидрологического режима во время вегетационного периода. 2 Это приводит к сокращению мест обитания с оптимальными экологическими условиями для произрастания вида. 2

Кубышка жёлтая занесена в Красную книгу РФ как вид, находящийся под угрозой исчезновения. 1