Основные преимущества использования тандемной масс-спектрометрии в протеомике:

• Возможность идентификации белков без их предварительного разделения (за исключением анализа очень сложных смесей). 12 Число белков, идентифицированных из одной неразделённой смеси, может достигать 4000. 2
• Снижение уровня шума по отношению к сигналам. 1
• Улучшение разделения сигналов анализируемых веществ и воспроизводимости масс-спектров. 1
• Повышение селективности анализа и получение большего объёма структурной информации. 1 В каждом отдельном масс-спектре отображён набор фрагментов одного пептида, что позволяет более точно установить как аминокислотную последовательность в составе белка, так и конкретные модификации каждой аминокислоты. 1
• Возможность быстрой и точной оценки качества тандемного масс-спектра. 3 Это позволяет исследователю фильтровать спектры на основе вероятности того, что спектр в конечном итоге будет идентифицирован путём поиска в базе данных. 3