Некоторые преимущества метода Саузерн-блоттинга:

• Универсальность. 4 Метод используют для различных анализов ДНК: анализа фрагментов, картирования генов, анализа метилирования ДНК, диагностики генетических заболеваний и других. 4
• Возможность обнаружения широкого спектра мутаций и крупных структурных перестроек. 2
• Выявление изменений в статусе метилирования генов. 2

Некоторые недостатки метода Саузерн-блоттинга:

• Требование большого количества ДНК. 2
• Высокие трудозатраты и время выполнения анализа. 2 Как правило, анализ может занимать неделю. 2
• Использование радиоактивных материалов. 2 Это может быть дорогостоящим и опасным, но есть возможность применять нерадиоактивные методы, например хемилюминесценцию. 2
• Ограниченная способность идентифицировать мутации. 3 Зонды могут обнаруживать дефекты, только имеющие ощутимое влияние на размер рестрикционного фрагмента, например крупные делеции или инсерции (вставки). 3