Основные преимущества трёхуровневой архитектуры АИС «Налог-3»:

• Централизация системы на основе единой базы данных. 1 Это позволяет организовать единое рабочее пространство для всех территориально и организационно распределённых пользователей, создавать центры компетенций и обеспечивать обслуживание системы по всей стране. 1
• Горизонтальное масштабирование за счёт добавления новых вычислительных ресурсов. 1

Некоторые недостатки трёхуровневой архитектуры АИС «Налог-3»:

• Сложности с обеспечением информационной безопасности из-за множественности и фрагментарности распределённых по отдельным информационным системам информационных ресурсов. 3
• Необходимость внедрения большего количества технических средств защиты информации на каждом из объектов ФНС России. 3
• Трудности в реализации единых политик безопасности информации. 3
• Сложность процедур предоставления доступа и управления доступом к распределённым информационным ресурсам как организационно, так и технически. 3