Основные преимущества нанопорового секвенирования по сравнению с другими методами:

• Дешевизна и простота использования. 1 Это достигается за счёт отсутствия необходимости приготовления образца и использования реактивов. 1
• Высокая чувствительность. 1 Метод позволяет секвенировать без амплификации ДНК из крови и слюны. 1
• Высокая длина прочтений. 1 Она может достигать десятков тысяч оснований, что упрощает и ускоряет сборку ранее не опубликованных геномов. 4
• Высокая мобильность. 1 Исследователь может в любой момент понять, что процесс идёт не так, остановить секвенирование и нанести на проточную ячейку секвенатора новый образец. 4
• Анализ в режиме реального времени. 4 Исследователь может в любой момент понять, что процесс идёт не совсем так, остановить секвенирование и нанести на проточную ячейку секвенатора новый образец. 4

Некоторые недостатки нанопорового секвенирования:

• Низкое качество прочтений по сравнению с технологиями секвенирования с короткими прочтениями. 12 Однако эта ситуация меняется в лучшую сторону при появлении новых алгоритмов. 1
• Потеря функциональных свойств биологических пор с течением времени. 1 Поры надёжно работают лишь в течение определённого количества прогонов. 1
• Влияние факторов среды на скорость прочтения последовательности и, следовательно, на его качество. 1