Некоторые основные ограничения генеалогического метода в генетических исследованиях:

• Невозможность точно определить, за счёт генетических или средовых факторов происходит повторение изучаемого признака в ряду поколений. 4
• Проблемы при сравнении представителей разных поколений (например, родителей и детей). 4 Это связано с тем, что сравниваемых родственников разделяет достаточно большой возрастной интервал, а влияние генотипа на изучаемые признаки с возрастом может меняться. 4
• Невозможность определить тип наследования заболеваний с неменделирующим типом наследования, таких как эпигенетические, мультифакториальные болезни, заболевания микросателитных тандемных повторов, заболевания митохондрий с ядерным типом наследования. 1

Чтобы повысить надёжность генеалогического исследования, его рекомендуется объединять с другими методами, например с близнецовым. 4