Некоторые основные методы, используемые в протеомике:

• Изоэлектрофокусирование (ИЭФ). 1 Разделение белков основано на действии электрического поля в среде с градиентом pH. 1
• Идентификация миросеквенированием. 1 В основе метода лежит определение (расшифровка) части последовательности аминокислот белка. 1
• Масс-спектрометрия. 14 Метод позволяет установить входящие в состав молекулы атомы, их изотопный состав и структуру расположения, а также определить массу молекулы. 1
• Капиллярный электрофорез. 1 Метод позволяет анализировать сложные смеси с помощью электрокинетических явлений, приводящих к их разделению и появлению возможности определения компонентов. 1
• Двумерный электрофорез. 12 Метод позволяет разделить основные известные белки, характерные для данной ткани, выявить наличие известных минорных белков, а также идентифицировать маркерные белки, характеризующие уже известные изменения в этой ткани. 1
• Методы ЯМР и рентгеноструктурный анализ. 2 Дают наиболее полную и подробную информацию о третичной структуре белка и позволяют исследовать её с разрешением до 1–3 Å. 2